他人による「ゆるキャラ」商標登録出願
問題となった商標「こまポン」は、小松島市が観光ＰＲとして作ったマスコットキャラクター（ゆるキャラ）の名称です。
記事によると、徳島市の企業が、市には無断で「こまポン」を商標登録出願したところ、特許庁は当該出願を拒絶したとの事です。
ＩＰＤＬで調べると、記事の内容のとおり、拒絶査定となっていました。
【出願番号】 商願２０１３－５０３３０
【拒絶査定発送日】 平成２６年（２０１４）７月１８日
【標準文字商標】 こまポン
【出願人】
【氏名又は名称】 有限会社東通
【住所又は居所】 徳島県徳島市万代町５丁目７１番地
さらに記事によると、拒絶査定の理由が、商標「こまポン」が「国や自治体など機関の公益・非営利の事業を表す標章で、著名なものと同じ」と認められたからとされています。つまり、４条１項６号を理由とした拒絶査定ということになります。
六 国若しくは地方公共団体若しくはこれらの機関、公益に関する団体であつて営利を目的としないもの又は公益に関する事業であつて営利を目的としないものを表示する標章であつて著名なものと同一又は類似の商標
名称「こまポン」が、「国」「地方公共団体」「機関」「団体」「事業」を表示する標章に該当すると判断したようですが、少々疑問が残ります。
個人的には、４条１項７号が妥当ではないかと思います。いわゆる「剽窃的な商標」に該当するとした拒絶理由です。
七 公の秩序又は善良の風俗を害するおそれがある商標
４条１項７号でなければ、４条１項１５号かも知れません。
十五 他人の業務に係る商品又は役務と混同を生ずるおそれがある商標（第十号から前号までに掲げるものを除く。）
ところで、「審査基準」の４条１項６号の内容は以下の通りです。「こまポン」が、小松島市の観光事業を表示するものとして認定された可能性はありそうです。
都道府県、市町村、都営地下鉄、市営地下鉄、市電、都バス、市バス、水道事業、大学、宗教団体、オリンピック、ＩＯＣ、ＪＯＣ、ボーイスカウト、ＪＥＴＲＯ等を表示する著名な標章等は、本号の規定に該当するものとする。
ゆるキャラは大別して、「公認（地方公共団体が企画）」と「非公認（一般企業や市民が企画）」がありますが、前者の場合は４条１項６号で処理する方向なのかも知れませんね。
情報ソース
https://headlines.yahoo.co.jp/hl?a=20150209-00002652-bengocom-soci
https://www.topics.or.jp/localNews/news/2012/06/2012_133991136872.html
https://www.jpo.go.jp/shiryou/kijun/kijun2/pdf/syouhyou_kijun/15_4-1-6.pdf