他方，上告人は，本件特許権につき特許無効の審判を請求することはできるものの，特許無効の審決を経て本件発明につき改めて特許出願をしたとしても，本件特許出願につき既に出願公開がされていることを理由に特許出願が拒絶され，本件発明について上告人が特許権者となることはできない結果になるのであって，それが不当であることは明らかである（しかも，本件特許権につき特許無効の審決がされることによって，真の権利者であることにつき争いのない上告補助参加人までもが権利を失うことになるとすると，本件において特許無効の審判手続を経るべきものとするのは，一層適当でないと考えられる。）。また，上告人は，特許を受ける権利を侵害されたことを理由として不法行為による損害賠償を請求する余地があるとはいえ，これによって本件発明につき特許権の設定の登録を受けていれば得られたであろう利益を十分に回復できるとはいい難い。その上，上告人は，被上告人に対し本件訴訟を提起して，本件発明につき特許を受ける権利の持分を有することの確認を求めていたのであるから，この訴訟の係属中に特許権の設定の登録がされたことをもって，この確認請求を不適法とし，さらに，本件特許権の移転登録手続請求への訴えの変更も認めないとすることは，上告人の保護に欠けるのみならず，訴訟経済にも反するというべきである。
これらの不都合を是正するためには，特許無効の審判手続を経るべきものとして本件特許出願から生じた本件特許権自体を消滅させるのではなく，被上告人の有する本件特許権の共有者としての地位を上告人に承継させて，上告人を本件特許権の共有者であるとして取り扱えば足りるのであって，そのための方法としては，被上告人から上告人へ本件特許権の持分の移転登録を認めるのが，最も簡明かつ直接的であるということができる。