ウ 方法の使用について
特許法２条３項２号の規定する方法の発明の実施行為，すなわち，特許発明に係る方法の使用をする行為については，特許権者が発明の実施行為としての譲渡を行い，その目的物である製品が市場において流通するということが観念できないため，物の発明に係る特許権の消尽についての議論がそのまま当てはまるものではない。しかしながら，次の(ア)及び(イ)の場合には，特許権に基づく権利行使が許されないと解すべきである。
(ア) 物を生産する方法の発明に係る方法により生産される物が，物の発明の対象ともされている場合であって，物を生産する方法の発明が物の発明と別個の技術的思想を含むものではないとき，すなわち，実質的な技術内容は同じであって，特許請求の範囲及び明細書の記載において，同一の発明を，単に物の発明と物を生産する方法の発明として併記したときは，物の発明に係る特許権が消尽するならば，物を生産する方法の発明に係る特許権に基づく権利行使も許されないと解するのが相当である。したがって，物を生産する方法の発明を実施して特許製品を生産するに当たり，その材料として，物の発明に係る特許発明の実施品の使用済み品を用いた場合において，物の発明に係る特許権が消尽するときには，物を生産する方法の発明に係る特許権に基づく権利行使も許されないこととなる。
(イ) また，特許権者又は特許権者から許諾を受けた実施権者が，特許発明に係る方法の使用にのみ用いる物（特許法１０１条３号）又はその方法の使用に用いる物（我が国の国内において広く一般に流通しているものを除く。）であってその発明による課題の解決に不可欠なもの（同条４号）を譲渡した場合において，譲受人ないし転得者がその物を用いて当該方法の発明に係る方法の使用をする行為，及び，その物を用いて特許発明に係る方法により生産した物を使用，譲渡等する行為については，特許権者は，特許権に基づく差止請求権等を行使することは許されないと解するのが相当である。
その理由は，① この場合においても，譲受人は，これらの物，すなわち，専ら特許発明に係る方法により物を生産するために用いられる製造機器，その方法による物の生産に不可欠な原材料等を用いて特許発明に係る方法の使用をすることができることを前提として，特許権者からこれらの物を譲り受けるのであり，転得者も同様であるから，これらの物を用いてその方法の使用をする際に特許権者の許諾を要するということになれば，市場における商品の自由な流通が阻害されることになるし，② 特許権者は，これらの物を譲渡する権利を事実上独占しているのであるから（特許法１０１条参照），将来の譲受人ないし転得者による特許発明に係る方法の使用に対する対価を含めてこれらの物の譲渡価額を決定することが可能であり，特許発明の公開の代償を確保する機会は保障されているからである（この場合には，特許権者は特許発明の実施品を譲渡するものではなく，また，特許権者の意思のいかんにかかわらず特許権に基づく権利行使をすることは許されないというべきであるが，このような場合を含めて，特許権の「消尽」といい，あるいは「黙示の許諾」というかどうかは，単に表現の問題にすぎない。）。
したがって，物を生産する方法に係る発明においては，特許権者又は特許権者から許諾を受けた実施権者が，専ら特許発明に係る方法により物を生産するために用いられる製造機器を譲渡したり，その方法による物の生産に不可欠な原材料等を譲渡したりした場合には，譲受人ないし転得者が当該製造機器ないし原材料等を用いて特許発明に係る方法の使用をして物を生産する行為については，特許権者は特許権に基づく差止請求権等を行使することは許されず，当該製造機器ないし原材料等を用いて生産された物について特許権に基づく権利行使をすることも許されないというべきである。